Hãng được thành lập và đi vào hoạt động theo các Quyết định số 116/CT ngày 13 tháng 4 năm 1991 và số 188/CT ngày 15 tháng 6 năm 1991 của Chủ tịch Hội đồng Bộ trưởng, các Quyết định số 2355 QĐ/TCCB-LĐ ngày 12 tháng 12 năm 1990 và Quyết định số 2016 QĐ/TCCB-LĐ ngày 20 tháng 9 năm 1992 của Bộ trưởng Bộ Giao thông Vận tải và Bưu điện.

Đây là hãng hàng không không thuộc sở hữu nhà nước đầu tiên được thành lập tại Việt Nam sau khi luật được sửa đổi cho phép đầu tư nước ngoài trong lĩnh vực hàng không trong nước. Các cổ đông ban đầu gồm 7 doanh nghiệp nhà nước với số vốn 40 tỷ đồng, trong đó Cục hàng không dân dụng Việt Nam (Vietnam Civil Aviation) và 4 doanh nghiệp thành viên đã chiếm 86,49% cổ phần. Hai cổ đông còn lại là Tổng công ty Du lịch Sài Gòn (Saigon Tourist, 13,06%) và Công ty Thương mại Đầu tư Phát triển Giao thông Vận tải (Tradevico, 0,45%).

Năm 1993, Cục hàng không dân dụng Việt Nam tái cấu trúc bộ phận khai thác thành trở thành Hãng hàng không Quốc gia Việt Nam (Vietnam Airlines). Các cổ phần của Cục hàng không dân dụng chuyển sang cho Vietnam Airlines (VNA). Năm 1995, Pacific Airlines trở thành đơn vị thành viên của Vietnam Airlines và từ năm 1996, là thành viên của Tổng công ty Hàng không Việt Nam (Vietnam Airlines Corporation). Các cổ phần của VNA và các doanh nghiệp thành viên chuyển lại thống nhất cho Tổng công ty Hàng không Việt Nam quản lý. Số cổ đông của PA chỉ còn 3 cổ đông.

Ngày 21 tháng 1 năm 2005, Thủ tướng Chính phủ đã ký Quyết định số 64/2005/QĐ-TTg chuyển toàn bộ 86,49% cổ phần của Tổng công ty Hàng không Việt Nam cho Bộ Tài chính thay mặt Nhà nước quản lý và tái cơ cấu. PA phải cắt bớt đường bay không hiệu quả (tuyến Đà Nẵng – Hồng Kông, TP. Hồ Chí Minh - Đài Bắc, TP.Hồ Chí Minh - Cao Hùng) và đàm phán lại để giảm chi phí thuê máy bay. Nhờ đó hãng đã phần nào giảm được các khoản lỗ.

Tháng 8 năm 2006, Tổng công ty Đầu tư và Kinh doanh vốn Nhà nước (SCIC) được thành lập trực thuộc Bộ Tài chính, cổ phần của nhà nước do Bộ Tài chính nắm giữ được chuyển sang cho SCIC điều hành.

Ngày 26 tháng 4 năm 2007, tập đoàn Qantas (Úc) đã ký kết Hợp đồng đầu tư với Tổng công ty đầu tư và kinh doanh vốn nhà nước (SCIC) về việc mua lại 30% cổ phần của Pacific Airlines để trở thành cổ đông chiến lược vì họ muốn hãng hàng không giá rẻ của riêng mình là Jetstar Airways có địa điểm đặt chân vào châu Á. Theo thỏa thuận ban đầu, Qantas sẽ đầu tư 50 triệu USD để được sở hữu 18% cổ phần của PA, sau đó sẽ đầu tư thêm để được sở hữu 30%. Nhờ số tiền này mà PA có thể cắt lỗ, nhưng đổi lại sẽ chuyển sang dùng thương hiệu Jetstar Pacific Airlines. Số lượng cổ đông cũng như tỷ lệ cổ phần cũng thay đổi như sau: SCIC (75,78%), Qantas Airways (18%), Saigon Tourist (6,18%) và ông Lương Hoài Nam - Tổng giám đốc (0,04%). Ngày 23 tháng 5 năm 2008, hãng này đã chính thức đổi tên và biểu tượng, từ Pacific Airlines trở thành hãng hàng không Jetstar Pacific Airlines.

Đến cuối năm 2011, Jestar Pacific chiếm khoảng 17% thị phần hàng không nội địa tại Việt Nam và đa số cổ phiếu do 3 tập đoàn nắm là Tổng Công ty Đầu tư và Kinh doanh Vốn Nhà nước (SCIC) với 70%, Qantas Airways (Úc) với 27% cổ phần, và Saigon Tourist với 3% [2]. Do hậu quả của nhiều năm lỗ liên tiếp, hãng phải tái cơ cấu sở hữu và rà soát lại toàn bộ hoạt động [3].

Ngày 21 tháng 2 năm 2012, một lần nữa VNA trở thành cổ đông lớn nhất của Jestar Pacific khi tiếp nhận quyền đại diện phần vốn Nhà nước của Jetstar Pacific từ SCIC với 70% cổ phần.[4]

Từ ngày1 tháng 1 năm 2013, Jetstar Pacific chuyển sang khai thác hoàn toàn bằng đội bay mới Airbus A320 - 180 ghế đồng hạng phổ thông. Các cổ đông của Jetstar Pacific cũng công bố kế hoạch phát triển đội máy bay lên 15 chiếc trong những năm tiếp theo.

Năm 2015, được đánh giá là năm phát triển nhanh trong lịch sử hoạt động của Jetstar Pacific. Hãng mở thêm 14 đường bay nội địa, nâng tổng số đường bay khai thác lên 34 đường bay nội địa và quốc tế.

Ngày 28-29/10/2015, Tổng công ty Hàng không Việt Nam (Vietnam Airlines), Tập đoàn hàng không Qantas Group (Úc) và Jetstar Group – Công ty con của Qantas Group - đã có cuộc làm việc cấp cao ba bên tại thành phố Sydney (Úc). Các bên đánh giá kế hoạch tái cơ cấu tích cực Jetstar Pacific, bắt đầu kinh doanh có lãi và các cổ đông tiếp tục thống nhất kế hoạch tăng cường đầu tư, mở rộng quy mô và thực hiện các mục tiêu phát triển dài hạn của Jetstar Pacific, bao gồm kế hoạch tăng đội bay lên 30 chiếc Airbus A320 đến măm 2020.

Ngày 6/9/2016, Jetstar Pacific lần đầu tiên chính thức ký hợp đồng mua 10 máy bay thế hệ mới Airbus A320ceo với Tập đoàn Airbus, bàn bàn giao trong năm 2017 để mở rộng mạng bay nội địa và quốc tế. Hợp đồng được ký trong khuôn khổ chuyến thăm cấp Nhà nước tới Việt Nam của Tổng thống Pháp Francois Hollande.